抗核抗体定性

尋ねの件ですが、査定を受けているのは１件だけでしょうか。他にも複数ありそうな感じです。
ご質問の内容から、特定の先生が画一的になさっていると考えれます。
病名の付け方から判断すると、経験の浅い若い先生に多くみられる傾向で、保険診療に関する認識が薄いように思います。
又は事務方で担当医に確認せずに機械的に付けたのかも知れません。
私は医師ではありませんので詳しくは申し上げられませんが、自己免疫疾患を疑う場合は、何らかの臨床症状（不明熱、体重減少、リンパ節腫脹、関節症状など）があり、
他の検査（検尿、血算、CRP、生化学など）結果で総合的に判断して自己免疫疾患を強く疑った場合に実施します。
診療録に検査をおこなう根拠が記載されているでしょうか。いきなり抗核抗体を実施していたりしていないでしょうか。
一般的には、膠原病や強皮症、シェーグレン症候群、自己免疫性肝炎などが挙げられますが、免疫疾患疑いでは医学的根拠に乏しいのではないかと思います。
単に事務的に病名を付ければいいのではなく、診療録と整合性があるか確認が必要です。基になるのは診療録です。
他に抗核抗体検査を実施しているレセプトをご確認いただき、画一的に病名が付けられていないか、セット検査等で安易にオーダーされていないか検証が必要です。
（回答者　ひできさん）