公害と保険併用（病名の照合はどうなるの？）

院外処方の医療機関（東京都です）での、公害と保険併用のケースでの薬局相殺についてご意見をいただきたく質問させていただきます。
通常では公害（患者負担なし）を優先にして、診察料、処方せん料などの算定を
すると思います。そうした場合に、結局その月は医療機関のレセプトでは、保険での
請求が発生しない場合があると思います。
（例：再診+外来管理加算+公害の指導料+処方せん料+長期投薬加算）
処方の内容によって、処方せんは保険と公害に分けて、処方せんを2枚別々に発行しました。
薬局では保険分の調剤については窓口負担が発生し、薬局からは保険と公害2枚のレセプトが提出されます。
以上のような場合、保険診療分については処方内容と病名の照合は行ないようがないとかんがえてよろしいのでしょうか？
（医療機関のレセプトは公害のみで、保険はない）
（もちろんだからといってカルテに病名を記載する必要がないなどとは考えていません。）
しかし保険分は査定が行なわれないという考えに、どこか穴があるような･･･。
保険から何らかの照合が行なわれる手続きがあったりするでしょうか？
もしそのような経験がおありの方がいらっしゃいましたら、情報をいただけると助かります。