マル長、更生医療、重度医療を持っている複初の算定

重度医療で初診時のみ上限５８０円まで料金がかかる患者さんです。
１７日に同日２科目で複初を算定した場合、５８０円を患者さんから徴収し、
レセプトの一部負担金の欄に５８０円と記載したのですが、国保担当者から
不要と連絡がありました。担当者が変わり言われました。
既にマル長１万上限に達しているので、５８０円の徴収は必要なく、
レセプトにも記載不要とのことです。
マル長１万、更生医療５千円、重度５８０円患者負担の場合、
５千円は更生医療に請求されますが、市町村に請求される額は
５千円から５８０円を引いた４，４２０円になるのではないでしょうか？
複初算定時に５８０円を請求するのは間違い？ということになりますか？
（2019/8/1）